Neuzeit
War das ausgehende 15. Jahrhundert in Neustift eine Periode der höchsten kulturellen Blüte gewesen, so brach für die Kanonie mit dem 16. Jahrhundert infolge der gesell-schaftlichen und religiösen Umbrüche eine Zeit tiefster Krise an. Wie mit einem Pauken-schlag wurde der Niedergang 1525 durch die dreitägige Plünderung und anschließende Besetzung des Stiftes im Zuge des Tiroler Bauernaufstandes eingeleitet. Während die Gemeinschaft genügend wirtschaftliche Kraft hatte, die großen Schäden an Baulich-keiten und Ausstattung der Klosteranlage zu beseitigen, drohte das geistige Gebäude zu verfallen. Hatte das Kapitel um 1510 aus dreißig Chorherren bestanden, so sank die Anzahl der im Stift lebenden Priester in den 1560er Jahren auf sechs.
Erst mit Propst Jakob Fischer (1589-1621) wendete sich das Blatt zum Besseren.
Sein Nachfolger Markus Hauser (1621-1665) legte mit der Gründung einer akadem-ischen Hauslehranstalt das geistige Fundament für die barocke Umgestaltung des Stiftes. Um für die wachsende Gemeinschaft ausreichend Platz zu schaffen, erfolgte noch im 17. Jahrhundert die Modernisierung und Erweiterung des Klausurbereichs und der Gärten. Von 1735 bis 1744 folgte dann der völlige Umbau der mittelalterlichen Stiftskirche in ein lichtdurchflutetes "theatrum sacrum" im Sinne des Spätbarocks, in dem die Liturgie einen Vorgeschmack auf das himmlische Hochzeitsmahl zu geben vermochte. Den Abschluss bildete von 1771 bis 1778 die Errichtung des neuen Bibliothekstraktes mit seinem prachtvollen Rokokosaal. Den ambitionierten Baumaßnahmen entsprach eine zahlreiche Chorherrengemeinschaft die z.B. im Jahre 1780 53 Mitgliedern umfasste.
Während der drei Koalitionskriege (1792-1805) gegen Frankreich hatte das Stift immer wieder umfangreiche Einquartierungen von Truppen beider Kriegsparteien und drückende Abgaben zu erdulden. Als mit dem Frieden von Pressburg (1805) die Gefürstete Graf-schaft Tirol an Bayern fiel, schienen die letzten Tage des Augustiner Chorherrenstiftes Neustift gekommen zu sein.