An einem wichtigen Verkehrsknotenpunkt gelegen fand im Stift stets ein reger kultureller Austausch statt, der in den Fresken des Kreuzgangs, bei der Ausführung der Altartafeln und der Skulpturen seinen Niederschlag fand. Die stiftseigene Pinakothek umfasst eine wertvolle Sammlung an Tafelbildern und Altären aus dem 15. und dem frühen 16. Jahrhundert. Die gotischen Altartafeln waren einst allesamt in der Stiftskirche aufgestellt und wurden von den bedeutendsten Tiroler Künstlern jener Zeit wie Michael und Friedrich Pacher, Leonhard von Brixen und Marx Reichlich ausgeführt. Besondere Erwähnung verdienen u. a. der Augustinus-Altar des Meisters von Uttenheim oder der Katharina-Altar von Friedrich Pacher. Der berühmte Kirchenväter-Altar, der 1471–1475 von Michael Pacher für Neustift geschaffen wurde, befindet sich heute hingegen in der Alten Pinakothek in München: Während der Zugehörigkeit Tirols zu Bayern und der vorübergehenden Aufhebung des Stiftes wurden zahlreiche Kunstschätze aus dem Stift entfernt. Dennoch besitzt Neustift heute noch eine beeindruckende Sammlung an Kunstwerken namhafter Künstler.

Die Pinakothek und das Stiftsmuseum sind im Rahmen der Stiftsführung öffentlich zugänglich