Um 1700 erteilte ein Laie den Unterricht, ein Chorherr war Religionslehrer und „Oberinspektor“ der Schule. Von den fünf Unterrichtsstunden waren zwei dem Choralgesang gewidmet.

Im 18. Jahrhundert besuchten 24 Schüler die Klosterschule, zwölf wurden besonders im gregorianischen Gesang ausgebildet und sangen bei den verschiedenen Gottesdiensten, zwölf erhielten Unterricht an verschiedenen Instrumenten der Kirchenmusik, aber auch in allgemeinbildenden Fächern.

Im 19. Jahrhundert genossen zwei Drittel der Schüler freie Verpflegung, hatten allerdings gewisse Verpflichtungen (z. B. Singen beim Gottesdienst). Unterrichtet wurden sie meist von zwei Chorherren in Gesang, Instrumentalmusik und allgemeinbildenden Gegenständen. Bis zum Ersten Weltkrieg hatte dieses „Singknabeninstitut“ den Charakter einer heutigen Mittelschule, wobei allerdings ein Schwerpunkt die Musik war, und bereitete die Knaben auf das Gymnasium oder die Lehrerbildungsanstalt oder aber auch für den Organistendienst vor. Je nach Vorbereitung und Lernfortschritt dauerte der Unterricht ein bis vier Jahre.

Auch in der Zwischenkriegszeit behielt die Schule diesen Charakter bei. Sie hieß nun „scuola apostolica“, die deutsche Unterrichtssprache konnte beibehalten werden; so wurden in der schwierigen Zeit des Faschismus den Schülern solide Deutschkenntnisse vermittelt. Prof. Josef Gasser war der Musiklehrer. Das Ende der Schule wurde nicht durch die Faschisten, sondern von der Arbeitsgemeinschaft der Optanten für Deutschland herbeigeführt. Am 15. September 1943 wurde das Institutsgebäude beschlagnahmt.

Bereits im Herbst 1945 wurde die Schule jedoch wieder eröffnet. Von 1946 an gab es in Neustift eine zweijährige private Kaufmännische Vorbildungsschule und ein privates humanistisches Gymnasium. An beiden Schulen unterrichteten fast ausschließlich Chorherren. Als im Jahre 1963 in Italien die Einheitsmittelschule eingeführt wurde, übernahm auch Neustift diesen Schultyp.